Neben zahlreichen Vorteilen, die das Wasserstrahlschneiden mit sich bringt, gibt es auch Schwachpunkte. In erster Linie betrifft dies das Schneidmedium Wasser, mit dem alle bei dieser Schneidetechnik zugehörigen Teile permanent in Berührung kommen. Dabei ist es nicht ausgeschlossen, dass es zu Reaktionen zwischen feuchtigkeitsempfindlichen Materialien mit dem Wasser kommen kann. Saugende Werkstoffe wie zum Beispiel weiches Holz sind ebenfalls weniger zur Bearbeitung auf der Wasserstrahlschneideanlage geeignet. Während die meisten Metalle weitgehend unempfindlich gegen die Einwirkung des Wassers sind, kann es bei Edelstahl zur Bildung von Flugrost kommen. Dieser unerwünschte Belag kann jedoch relativ problemlos entfernt oder bereits im Vorfeld durch entsprechende Vorkehrungen vermieden werden. Mit Zunahme der Schnittgeschwindigkeit sinkt erwartungsgemäß auch die Schnittqualität, weshalb es teilweise zu zeitlichen Einschränkungen kommen kann. Dies betrifft aufgrund des Nachlaufs beim Austritt des Wasserstrahls zum Beispiel den Schnitt von engen Radien und Ecken. Die Schnittgenauigkeit und -qualität kann jedoch durch den Einsatz stärkerer Pumpen erhöht werden.
Hohe Schallentwicklung möglich
Auch das Wasser muss entsprechend wieder aufbereitet oder gefiltert werden, bevor es der Pumpe wieder zugeführt wird, während das eingesetzte Abrasiv eine gesonderte Entsorgung erfordert. Ebenso ist die maximal mögliche Schneiddicke auf etwa 300 Millimeter begrenzt. Der Wasserstrahl verliert bei zunehmender Materialstärke an Energie, was die Schnittqualität ebenfalls herabsetzt.
Unter Umständen sind beim Wasserstrahlschneiden im Vergleich zu anderen Schneidetechniken sehr hohe Schallemissionen möglich, sodass Sicherheitsvorkehrungen zum Gehörschutz unabdingbar sind. Die Lärmentwicklung kann jedoch durch spezielle Lärmschutzwände oder dem Schneiden unter Wasser deutlich herabgesetzt werden. Die Wasserstrahlanlage selbst verfügt über Verschleißteile, zum Beispiel an Schneidkopf und Pumpe, die je nach Einsatz häufig gewechselt werden müssen.